Eesti SARS-COV-2 täisgenoomide järjestamine ja analüüs. KoroGeno-EST

Uuringu eesmärk

KoroGeno-EST-2022 eesmärk on sekveneerida ja molekulaar-epidemioloogiliselt analüüsida Eestis kuni 8700 täisgenoomi ajavahemikus 1. jaanuar kuni 31. detsember 2022. Nädala kaupa sekveneeritud tüvede arv sõltub vabariigis valitsevast epidemioloogilisest olukorrast, uuest nakatunute arvust ning vajadusest jälgida kliiniliselt või demograafiliselt olulisi ning huvipakkuvate mutatsioonidega tüvesid. Saadud andmetele tuginedes koostatakse igal nädalal raport Terviseametile (TA) ja ECDC-le. Koostöös TA-ga viiakse saadud andmeid kasutades läbi ka nakkuskollete molekulaar-epidemioloogilist analüüsi. Lisaks sellele leitakse iganädalaselt kliiniliselt huvipakkuvate ning kriitilisi mutatsioone kandvate tüvede osakaalud nii Eesti siseselt ringlevates kui riiki toodud nakatunute hulgas. Saadud tulemustest informeeritakse Eesti COVID-19 epideemia ohjamisega tegelevaid ametkondi, kellele see on oluline sisend COVID-19 epideemia allasurumiseks vabariigis.

Uuringu meeskonda kuuluvad

Vastutav täitja Irja Lutsar, põhitäitja Kristi Huik

Aare Abroi, Taavi Päll, Katrin Kaarna, Mait Metspalu, Lili Milani, Tuuli Reisberg, Hedi Peterson, Ulvi Gerst Talas, Eveli Kallas, Kai Truusalu, Merit Pauskar, Arina Šablinskaja, Dagmar Hoidmets

Miks uuringuid läbi viiakse?

Eesti SARS-CoV-2 nakkusi põhjustanud viiruste täisgenoomide analüüs on vajalik, et mõista seni Eestis puhanguid põhjustanud viiruste levikuteid, erinevate tüvede ja nakkus-klastrite seost haiguse kulu ning demograafiliste ja kliiniliste faktoritega.

Uuringud aitavad mõista, millised SARS-CoV-2 tüved Eestis ringlevad, kui paljudel juhtudel on need Eestisse uuesti sisse toodud ja kui palju on kohalikku levikut. Uuringute tulemusel saab selgeks, milliste tüvede puhangud või kolded on levinud ja levivad erinevates geograafilistes piirkondades ning elanikkonna gruppides.

Aktiivsete puhangute korral võimaldab nakkus-klastrite info kinnitada, täpsustada või ümber lükata, kas epidemioloogiliselt seotud isikud on nakkuse saanud samast või erinevatest allikatest. See on vajalik nii haiglate infektsioonikontrolli osakondadele kui ka Terviseametile efektiivseks SARS-CoV-2 epideemia ohjamiseks.

Kuidas uuringuid läbi viiakse?

Uuringute eesmärgiks on sekveneerida ja analüüsida kuni 1800 Eestis nakkusi põhjustanud ja põhjustavat SARS-CoV-2 täisgenoomi. Selleks:

• Järjestatakse kuni 1400 seni (kuni 1. september 2020) Eestis SARS-CoV-2 nakkusi põhjustanud viiruse täisgenoomi. Sellega luuakse andmebaas seni Eestis ringelnud SARS-CoV-2 genoomsetest järjestustest ning identifitseeritakse, millised tüved ja kui suurte nakkus-klastritena põhjustavad Eestsi SARS-CoV-2 epideemiat.
• Järjestatakse kuni 400 Eestis edaspidi (alates 1. september 2020) SARS-CoV-2 nakkusi põhjustanud viiruse täisgenoomi, mis on epidemioloogiliselt olulised aktiivsete nakkuskollete ulatuse määramiseks ning nakatunud lähikontaktsete sidumiseks konkreetsete kolletega.

Kõikidele saadud andmetele tehakse bioinformaatiline ja fülogeneetiline analüüs ning koostöös Terviseametiga kaasatakse analüüsi ka nakatunud isikute demograafilised, kliinilised ning nakkus-klastreid või puhanguid iseloomustanud andmed.

Kes kaasatakse uuringutesse? 

Uuringutesse isikuid eraldi ei kaasata. Uuringutes kasutatakse kuni 1400 SARS-CoV-2 positiivse testi tulemuse andnud ning veel umbes 400 alates 1. septembrist 2020 SARS-CoV-2 positiivse testi andva patsiendi testimisel ülejäänud bioloogilist materjali (RNA ülejääki).  RNA ülejäägid pärinevad SYNLAB Eesti ja Terviseameti laboritest.

Uuringute kulg

Image

Fülogeneetiline puu 2020. aasta detsembri keskpaigaks järjestatud Eestis nakkusi põhjustavate SARS-CoV-2 viiruste täisgenoomidega

Fülogeneetilisest analüüsist selgub, et Eestis põhjustavad nakkusi väga erinevad SARS-CoV-2 isolaadid, mis on ilmselt riiki sisse toodud paljudel sõltumatutel juhtudel (joonisel märgitud erinevate värvidega või tumedamate piirkondadena sama värvi sees). Nagu näha on osade isolaatide levik jäänud piiratuks ning need on nakkusi põhjustanud ainult üksikjuhtudel. Teistel isolaatidel on õnnestunud suuremat hulka inimesi ning fülogeneetilisel analüüsil moodustavad nad identsete või väga sarnaste viiruste klastreid. Antud joonisel on näha ka kevadel kogutud proovidest järjestatud viiruste genotüübid (märgitud helerohelisega). Nende suhteline lähedus puujuurele viitab oluliselt lühemale ajale, mil neil oli võimalus evolutsioneeruda (alates SARS-CoV-2 viiruse sisenemisest inimpopulatsiooni enne 2019/2020 aasta vahetust). Andmete interpreteerimisel tuleb arvestada ka seda, et käesolev fülogeneetiline analüüs hõlmab suurusjärgus ainult kuni paar protsenti kogu Eestis ringlevatest ning ringelnud SARS-CoV-2 tüvedest.  /29.12.2020/

Uuringu taust 

„Eesti SARS-CoV-2 täisgenoomide järjestamine ja analüüs – KoroGeno-EST2“ on jätk uuringule KoroGenoEST-1.

Uuringu eesmärk

COVID-19 epideemia ohjamisel on võtmetähtsusega vaktsiinide efektiivsus. Hetkel laialdaselt kasutatud vaktsiinide efektiivsusele on esitanud tõsise väljakutse uute SARS-CoV-2 tüvede teke, millest ohtlikemaks peetakse hetkel UK (B.1.1.7), LAV (B.1.351), Brasiilia (P.1) ja India (B.1.617) tüvesid. KoroGeno-EST-2 projekti eesmärk on Eestis ajavahemikus 01.01.2021 – 30.04.2021 määrata üle 2500 SARS-CoV-2 täisgenoomse järjestuse ning viia neile läbi molekulaar-epidemioloogiline analüüs. Analüüsi käigus koostab Tartu Ülikool koostöös Terviseametiga iga nädalaselt representatiivse valimi erinevatest nakatunute populatsioonidest, sekveneerib nende viirused, analüüsib järjestused ning koostab raporti nii riigisiseseks kasutuseks kui ECDC-le esitamiseks. Viiruste molekulaar-epidemioloogilise analüüsi käigus leitakse nn. kiiremalt levivate või patogeensemate tüvede või seda põhjustavate mutatsioonide osakaalud erinevates uuringugruppides. Lisaks sellele võimaldavad viiruste järjestused TA-l läbi viia nakkuskollete analüüsi. Uuringu andmetele tuginedes on võimalik riigil saada ülevaade riigis ringlevatest ja sissetoodavatest SARS-CoV-2 tüvedest ja võtta seda arvesse otsuste tegemisel ning kergemini alla suruda uute nakkuskollete teket.

Uuringu taust

„Eesti SARS-CoV-2 täisgenoomide järjestamine ja analüüs – KoroGeno-EST3“ on jätk uuringule KoroGenoEST-2.

Uuringu eesmärk

Eesti SARS-CoV-2 täisgenoomide järjestamine ja analüüs-3. SARS-CoV-2 vastane vaktsineerimine on üks väheseid vahendeid, millega on võimalik efektiivselt peatada COVID-19 epideemiat. Vaktsineerimise efektiivust mõjutavad oluliselt uute SARS-CoV-2 tüvede ilmumine, millest seni on olnud kõige muret tekitavamad UK (B.1.1.7), LAV (B.1.351), Brasiilia (P.1) ja India (B.1.617) tüved. Koro-Geno-EST-3 eesmärk on Eestis sekveneerida ja molekulaar-epidemioloogiliselt analüüsida kuni 6500 täisgenoomi ajavahemikus 1. mai kuni 31. detsember 2021. Nädala kaupa sekveneeritud tüvede arv sõltub vabariigis valitsevast epidemioloogilisest olukorrast, uute nakatunute arvust ning vajaduses jälgida kliiniliselt või demograafiliselt huvipakkuvaid ning huvipakkuvate mutatsioonidega tüvesid. Saadud andmetele tuginedes koostatakse igal nädalal raport Terviseametile (TA) ja ECDC-le. Koostöös TA-ga viiakse saadud andmeid kasutades läbi ka nakkuskollete molekulaar-epidemioloogilist analüüsi. Lisaks sellele leitakse iganädalaselt kliiniliselt huvipakkuvate ning kriitilisi mutatsioone kandvate tüvede osakaalud nii Eesti siseselt ringlevates kui riiki toodud nakatunute hulgas. Saadud tulemustest informeeritakse Eesti COVID-19 epideemia ohjamisega tegelevaid ametkondi, kellele see on oluline sisend COVID-19 epideemia allasurumiseks vabariigis.

Tartu Ülikooli meditsiiniteaduste valdkonna poolt korraldatud “Arstiteaduskonna aastapäev 2021” ettekanne (07.10.2021) “SARS‐CoV‐2 geneetilise mitmekesisuse kiired muutused Eestis”, loe lähemalt siit , järelvaadatav: worksup.com lehel,
ID: teaduskonverents2021. Kristi Huigi ettekande algus Worksup-is 4:33.

Detailsemaid tulemusi vaata Observable dashboardilt

Observable dashboardi selgitav video 

Detailsemate tulemuste ülevaade 

Sekveneerimise kokkuvõte 31.05 - 31.10.2021

Sekveneerimise kokkuvõte 11.01 - 30.05.2021

Image