Kliinilise meditsiini instituut vastutab õppe-, teadus- ja arendustegevuse eest kliinilistel erialadel. Instituudis õpetatakse suuremat osa arstiteaduse õppekavade kliinilistest õppeainetest ning instituut on residentuuri, kliinilise meditsiini doktoriõppe ja meditsiinialase täiendusõppe peamine koordineerija Tartu Ülikoolis ja Eestis. Tartus meditsiinitudengite poolt läbi viidud kliinilised uuringud rajavad tugeva aluse nende rahvusvahelisele tuntusele arsti või teadlasena.
Õppe- ja teadustöö toimub tihedas koostöös Tartu Ülikooli Kliinikumiga, mis on Eesti suurim tervishoiuteenuste osutaja.
Enamik instituudi akadeemilistest töötajatest, sh 23 professorit ja 40 kaasprofessorit on praktiseerivad klinitsistid, kes töötavad mitmesugustel ametikohtadel Tartu Ülikooli Kliinikumis. 2020. aasta algul avas instituut simulatsioonikeskuse, mis võimaldab üliõpilastel, residentidel, õdedel ja arstidel harjutada kliinilisi oskusi mannekeenidel ja simulaatoritel. Instituut arendab Tartu Ülikoolis ka hea võrgustikuga patsiendiohutuse uurimiskeskust.
Tänu kõrgetasemelisele teadustööle kuulub Tartu Ülikool kliinilise meditsiini alal maailma 1% mõjukaimate teadusasutuste hulka (ISI Web of Science). Kõrgetasemelise kliinilise teadustöö tagamiseks on instituudis loodud uus osakond – kliiniliste uuringute keskus. Osakonna töötajad nõustavad teadlasi mitmesuguste taotluste esitamise, granditaotluste kirjutamise ja teadusprojektide juhtimise alal. Instituudi akadeemilised töötajad juhivad ligikaudu 30 teadusprojekti.
Kliinilise meditsiini akadeemilise teadmuskeskusena on instituut esindatud Sotsiaalministeeriumi, Eesti Haigekassa ja Terviseameti nõuandvates kogudes. Samuti kuuluvad instituudi esindajad riikliku ravijuhendite nõukotta ja ravikvaliteedi indikaatorite nõukotta.