Kliinilise meditsiini instituudi töökorralduslikeks üksusteks on 17 kliinikut, mis vastutavad õppe- ja teadustöö läbiviimise eest vastavatel kliinilistel erialadel ning õpetavad arstiteaduse õppekava üliõpilasi alates 3. kursusest.
Täpsema õppetöö info leiad instituudi kliinikute lehtedelt:
Anestesioloogia ja intensiivravi kliinik Hematoloogia-onkoloogia kliinik
Kirurgiakliinik Kopsukliinik Kõrvakliinik Lastekliinik
Nahahaiguste kliinik Naistekliinik Närvikliinik
Psühhiaatriakliinik Radioloogiakliinik Silmakliinik
Sisekliinik Spordimeditsiini ja taastusravi kliinik
Südamekliinik Ortopeediakliinik
Geneetika ja personaalmeditsiini kliinik