Kliinilise meditsiini instituudi töökorralduslikeks üksusteks on 16 kliinikut ja kliinilise geneetika keskus, mis vastutavad õppe- ja teadustöö läbiviimise eest vastavatel kliinilistel erialadel ning õpetavad arstiteaduse õppekava üliõpilasi alates 3. kursusest.
Täpsema õppetöö info leiad instituudi kliinikute lehtedelt:
Anestesioloogia ja intensiivravi kliinik Hematoloogia-onkoloogia kliinik
Kirurgiakliinik Kopsukliinik Kõrvakliinik Lastekliinik
Nahahaiguste kliinik Naistekliinik Närvikliinik
Psühhiaatriakliinik Radioloogiakliinik Silmakliinik
Sisekliinik Spordimeditsiini ja taastusravi kliinik
Südamekliinik Traumatoloogia ja ortopeedia kliinik
Üldinfo residentuuri kohta ja erialade programmid on leitavad meditsiiniteaduste valdkonna kodulehel.