Instituudi töökorralduslikeks üksusteks on 17 kliinikut, mis vastutavad õppe- ja teadustöö läbiviimise eest vastavatel kliinilistel erialadel, ning täienduskeskus, simulatsioonikeskus ja kliiniliste uuringute keskus. Naistekliiniku allüksusena on loodud seksuaaltervise uuringute keskus.
Instituut töötab tihedas koostöös Tartu Ülikooli Kliinikumiga. Kliinikumi struktuuriüksusteks on samuti kliinikud, mille moodustamisel on arvestatud Tartu Ülikooli struktuuri. Kliinikut juhib Kliinikumi juhatuse poolt määratav kliiniku juhataja, kelleks on üldjuhul Tartu Ülikooli vastava eriala juht. Kliinikumi asutamisel sätestatud põhimõte kliinikute ühesugusest struktuurist ülikoolis ja kliinikumis tagab sel viisil parimal moel õppe-, teadus- ja ravitöö tiheda integreerituse.
Täpsema info leiad instituudi kliinikute ja keskuste lehtedelt:
Anestesioloogia ja intensiivravi kliinik Hematoloogia-onkoloogia kliinik
Kirurgiakliinik Kopsukliinik Kõrvakliinik Lastekliinik
Nahahaiguste kliinik Naistekliinik Närvikliinik
Psühhiaatriakliinik Radioloogiakliinik Silmakliinik
Sisekliinik Spordimeditsiini ja taastusravi kliinik Südamekliinik
Ortopeediakliinik Täienduskeskus Geneetika ja personaalmeditsiini kliinik
Kliiniliste uuringute keskus Simulatsioonikeskus Patsiendiohutuse uurimiskeskus