Kliinilise meditsiini instituudi kliinikud õpetavad arstiteaduse õppekava üliõpilasi alates 3. kursusest.
Lisaks kuuluvad instituudi kliinikute õppeained järgmistesse meditsiiniteaduste valdkonna bakalaureuseõppe õppekavadesse:
hambaarstiteadus
proviisoriõpe
füsioteraapia
Kliinilise meditsiini teadustööst huvitatud leiavad rakendust doktoriõppes:
arstiteaduse doktoriõpe
neuroteaduste doktoriõpe
Instituudi kliinikud koordineerivad arst-residentide teoreetilist ja praktilist koolitust lähtudes residentuuri erialade programmidest.