Kliinikud ja keskused
Instituudi töökorralduslikeks üksusteks on 16 kliinikut ja kliinilise geneetika keskus, mis vastutavad õppe- ja teadustöö läbiviimise eest vastavatel kliinilistel erialadel, ning täienduskeskus ja kliiniliste uuringute keskus.
Instituut töötab tihedas koostöös Tartu Ülikooli Kliinikumiga. Kliinikumi struktuuriüksusteks on samuti kliinikud, mille moodustamisel on arvestatud Tartu Ülikooli struktuuri. Kliinikut juhib Kliinikumi juhatuse poolt määratav kliiniku juhataja, kelleks on üldjuhul Tartu Ülikooli vastava eriala juht. Kliinikumi asutamisel sätestatud põhimõte kliinikute ühesugusest struktuurist ülikoolis ja kliinikumis tagab sel viisil parimal moel õppe-, teadus- ja ravitöö tiheda integreerituse.